Международное сотрудничество университета осуществляется на основе договоров и меморандумов, посредством   выполнения международных программ и проектов. Программа международного сотрудничества в настоящее время расширилась за счет тесной  связи с университетами  партнерами и подписанных соглашений между вузами, которые включают совместную деятельность в проектах; подготовку и переподготовку кадров; совместное участие профессоров в диссертационных советах по защите кандидатских и докторских диссертаций, международных научных программ  и языковых  курсов. На сегодняшний день подписаны договора и меморандумы о сотрудничестве в области науки и образования, предусматривающие академические обмены и взаимное признание результатов обучения, стажировку  студентов, тесное   сотрудничество с  130 ведущими университетами  из  26 стран мира, таких как Россия, Казахстан, Кыргызстан, Узбекистан, Армения, Азербайджан, Белоруссия, Германия, Швеция, Китай, Румыния, Афганистан, Иран, Бельгия, Италия, Индонезия, Польша, Украина, Литва, Пакистан, Латвия, где задействованы  многие международные программы  и проекты. Только  60%  соглашений о сотрудничестве заключены  с университетами Российской Федерации и государствами Содружества Независимых Государств.

В 2002 году,  Международной организацией,  отдел международного сотрудничества университета за достойный труд в сфере международных отношений  был награжден золотой  статуэткой «Эра Качества», а 22-го февраля 2017 года Объединением Оксфордских Академии Англии, по представлению Международного Номинационного комитета имени Сократа, Таджикский аграрный университет имени Шириншох Шотемур был удостоен  международной награды «BEST UNIVERSITY» - «ЛУЧШИЙ  УНИВЕРСИТЕТ» за достижения в профессиональной деятельности, за лучшие показатели 2016 года по следующим критериям: доступность образования, качество образовательных услуг, профессионализм  преподавательского состава, степень аккредитации университета, уровень технической оснащенности, участие  в международных образовательных программах,  а также в программах обмена, перспективы   для международного   сотрудничества. В свою очередь,  28 марта 2017 года  ректор университета, профессор Салимзода Амонулло Файзулло был награжден званием  «BEST MANAGEROFTHEYEAR» - «ЛУЧШИЙ  ТОП MEHЕДЖЕР ГОДА».

В эти же годы,  при содействии учебного центра  «EDNET», корпораций «КАРАНА», «USAID», отдел получил книги по экономике и бизнесу, учебные пособия и журналы, от организаций «SOROS», «FAO» которые были  переданы в фонд университетской библиотеки. Отдел международных связей заключил договор с фондом Ага-Хана по развитию долгосрочных платежей за  обучение студентов из числа граждан Исламской Республики Афганистан и на использование компьютерных классов через организацию «Бизнес-центр». Только с 2010 по 2016 годы,  более 300 преподавателей по программе ERASMUS, ERASMUS+  приняли участие в международных конференциях, симпозиумах, прошли стажировку, курсы обучения и переподготовку. На сегодня,  основной целью двухсторонних договоров является улучшение учебного процесса на базе научно-учебно-методических разработок;  изучение и внедрение опыта ведущих преподавателей вузов; расширение и укрепление сотрудничества, улучшение качества деятельности профессорско-преподавательского состава, работников администрации, аспирантов и студентов; обеспечение двухсторонней информированности о деятельности организации через средства массовой информации.